Платили ли вы Application fee?

[Larkin]

А какая хронлогия подачи документов?
Заполнить on-line form -> присылать документы?

Да.

и в какой момент fee платить, если платить

Либо во время заполнения online form (если платите кредиткой), либо посылаете чек вместе со всеми остальными бумагами (транскриптами, statement of purpose, reference letters, итд). Если решили не платить, то вместо чека посылаете жалобное письмо.
Вообще все зависит от университета, требования могут быть слегка разными. Например, в некоторых университетах просят, чтобы reference letters были посланы напрямую от профессоров в университет, а в некоторых разрешают их вложить в один пакет с остальными вашими документами. Не стесняйтесь спрашивать секретаря, они всегда внятно отвечают на все вопросы, даже на самые элементарные - у них такая работа. Kстати, не поздно вы поступаете? По моему, в большинстве мест январь-февраль deadline? Или вы на следующий год?
В любом случае, удачи!

[demo]

А какая хронлогия подачи документов?

Заполнить on-line form -> присылать документы? или наоборот?
и в какой момент fee платить, если платить

Заполняйте сначала online form, потом документы, хотя это не принципиально. Документы Ваши все равно не потеряются. Вообще, у каждого университета процедура подачи документов описана весьма подробно, а уж деньги-то они готовы взять в любой момент
Если платить не хотите, то наверно лучше сначала написать им, похвастаться GPA и результатами тестов, пожаловаться на тяжелую жизнь и спросить рассмотрят ли без fee.
Удачи!