Graduate Student Position

[Noskov Sergey]

Ph.D. studentship
Department of Biological Sciences
University of Calgary

Ph.D. position is available at the IBI, Dept.BioSci, UofCalgary in the field of theoretical biophysics and molecular simulations (Noskov's Lab). The successfull candidate will be engaged in the project aimed towars better understanding of the protein ions dynamics in the gas and aqueous phases (FAIMS spectra modelling, denaturation pathways for the model systems, fibril formation and stability - within the scope of Alberta Prion Initiative), further development of the free energy simulations and integration of the DeMON DFT package to the CHARMM for studies of the proton dynamics in proteins (quantum dynamics and classical molecular dynamics with polarizable functions in gas and liquid phase). The degree's studies within the program offered by the Department will be concentrated in biochemistry and structural biology with strong emphasis in instrumental methods and underlying theory (NMR, visible and fluorescent spectroscopy, X-ray crystallography etc). Department is world-wide recognized for its standing in the structural and theoretical biology. Faculties within the program are holding grants from all federal and provincial agencies, serve as an members of editorial boards for Biophysical Journal, Proteins, BBRC, Cellular and Molecular Biology and many others.

For futher information please visit:

http://www.bio.ucalgary.ca/graduate/index.html

Close collaboration with experimental groups located in the Faculty of Medicine (South Alberta Cancer Institute & Proteomics Facility) and PNNL (Division of Biological Sciences) is already established. Excellent computing facilities are available including laboratory Linux cluster (30 dual quad-cores) and designated access to West-grid super-computer center through the Westgrid award to the PI. This project is currently funded for up to 3 years from the NSERC(federal) and Goverment of Alberta (provincial).

Requirements:

B.Sc. degree in chemistry/biology or physics is required.
Background in at least two of the following disciplines/areas is highly desired:
- Physical Chemistry;
- Statistical mechanics or liquid state theory
- Computer molecular simulations (classical, ab initio); scientific programming (Fortran, C++); good knowledge of Linux/UNIX environment.
- Basics of biochemistry or molecular biology,

If interested please contact:

Sergei Noskov,
snoskov[at]ucalgary.ca
Dept.BioSciences
University of Calgary

[notknown]

Пх.Д. студентшип
Департмент оф Биологицал Сциенцес
Университы оф Цалгары

Я вам послала сообсцение личной почтой. Пожайлуста проверъте.

[_Lenchik]

Напишите об'явление на molbiol.ru

Ochen populiarnii sait dlia biologiv.
Bolshinstvo rossiiskih aspirantov ego chitaut.

http://molbiol.ru/index.php?CODE=workdb

[Noskov Sergey]

Ленчик,

Спасибо конечно, но мои приоритеты будут отданы физикам и химикам. А на молбиол я напишу конечно, как и на целый ряд проф.сайтов.Больше аппликантов хороших и разных, Выше шансы найти хорошего студента.

[venka]

Интересно, а при поступлении град. студента в ваш универ, он не должен делать несколько rotations в разных лабах? Не совсем понятен данный момент... ИМХО, решение о приеме студентов принимает всё же департамент, а не единолично профессор. Или я чего то не понимаю?

[Noskov Sergey]

venca,

Должен делать, и rotation тоже есть - 6 месяцев, но только в рамках биохимия-структурная биология (M.S->Ph.D track). Любой кандидат подает на программу (biochemsitry & structural biology in this case) + my recomendation for admission can overwrite council decision if I agree to pay , указав изначально профессоров интереса (до 3-х человек). В случае с химиком/физиком как ищу я, могут возникнуть проблемы - не получение ТА (lack in biochemisty/mol.biol training) в первый год и я готов просто покрыть стипендию и прочее из моего гранта по окончанию оплачиваемой Dept rotation. Со второго года TA уже обычно не проблема.

Подобная ситуация была с нашим американским аспирантом, как он сделал мастера с Пенроузом в Англии (math + math logic + complexity theory) и приехал к нам в институт за Ph.D., несмотря на все его явные академические заслуги, стипендию первого года платил шеф из гранта.

[Dimchik]

venca,

Должен делать, и rotation тоже есть - 6 месяцев, но только в рамках биохимия-структурная биология (M.S->Ph.D track). Любой кандидат подает на программу (biochemsitry & structural biology in this case) + my recomendation for admission can overwrite council decision if I agree to pay , указав изначально профессоров интереса (до 3-х человек). В случае с химиком/физиком как ищу я, могут возникнуть проблемы - не получение ТА (lack in biochemisty/mol.biol training) в первый год и я готов просто покрыть стипендию и прочее из моего гранта по окончанию оплачиваемой Dept rotation. Со второго года TA уже обычно не проблема.

Подобная ситуация была с нашим американским аспирантом, как он сделал мастера с Пенроузом в Англии (math + math logic + complexity theory) и приехал к нам в институт за Ph.D., несмотря на все его явные академические заслуги, стипендию первого года платил шеф из гранта.

С оксфордским Пенроузом?

А бывают постдоки, которые идут в bio после уже PhD, скажем, в физике? Или поздно переучиваться?

[venka]

в первый год и я готов просто покрыть стипендию и прочее из моего гранта по окончанию оплачиваемой Dept rotation. Со второго года TA уже обычно не проблема.

Интересно... У нас в департаменте наоборот первые год или два департамент платит ТА, а потом уже профессор платит RA из грантов, чтобы не отвлекаться на ерунду, а спокойно сидеть в лабе и творить.

[Larkin]

А бывают постдоки, которые идут в bio после уже PhD, скажем, в физике? Или поздно переучиваться?

Очень даже бывают... В основном конечно в структурную биологию идут, но видела PhD физиков и в биоинформатике, и во всяких DFT и MD...

[Larkin]

в первый год и я готов просто покрыть стипендию и прочее из моего гранта по окончанию оплачиваемой Dept rotation. Со второго года TA уже обычно не проблема.

Интересно... У нас в департаменте наоборот первые год или два департамент платит ТА, а потом уже профессор платит RA из грантов, чтобы не отвлекаться на ерунду, а спокойно сидеть в лабе и творить.

У нас тоже. Хотя бывают бедные (а может жадные) профессора и студенты у них преподают всю дорогу....

[Noskov Sergey]

Димчик,

Бывают. Я - физ.химик и как раз делал пост-док в структурной биологии. Была возможность и химией заняться и бтологию подучить, я в удовольствие возился с мебранами, электрофизиологией и т.д. Лучший способ что-то понять - сделать самомую.
Названные МД (молекулярная динамика) или теория функционала плотности это методы, а не биология И я как раз работаю в областях развитии даных теорий и применений их на практике. Вот там физиков куча, особенно если любите программировать.Проблем там воз и тележка на любой вкус.
Пенроуз - тот самый. Паренек сейчас делает диссер с Маей Пазунской и Стюартом Кауфманом. Вот он красавЕц:
http://www.phas.ucalgary.ca/complexity/?PageID=56
Я в этом же институте (IBI), но на биологической стороне, он поступал именно на биологию вначале, но повращавшись переметнулся к физикам

Стипендии зависят от департамента, у нас фискальные дела идут хорошо и студенческая поддержка в виде ТА - 2 года, РА -2-3 года дается факультетом, не всем конечно, но большинству + огромное количесто сколаршипов доступных в Альберте для иностранных и местных студентов. В Онтарио например, ситуация кардинально отличается.

Профессора доплачивают сверху этой минимальной поддержки (факультет дает до 19 К в год.) Повторюсь, мои проблемы в том, что я хочу химика или физика на биологическую программу, и получить физ.химику ТА в биохимии или биофизической химии-биомембранах в первый год сложно, поскольку нет необходимых пре-реквизитов. Речь идет о Канаде, и ситуация здесь маленько отличается от США. Град. студенты в Канаде обходятся очень дешево по сравнению с США, я помню что град.студент оплачиваемый из моего гранта в Университете Чикаго стоил дороже пост-дока, т.н. стипендия, tuition, benefits etc.

[Larkin]

Названные МД (молекулярная динамика) или теория функционала плотности это методы, а не биология

Я неточно выразилась, конечно, это методы, и применять их можно и к полимерам, и к полупроводникам, и к биологии. Я имела в виду, что люди могут делать MD для полимeров, например, будучи физиками, а потом переключиться на биологию...

[Noskov Sergey]

Larkin,

Это я так, из врожденной вредности. Честно говоря, прорыв в биологии 60-80-х был совершен именно физиками и химиками. Я занимался в свое время теорией жидкостей, делал и МД, возился со стат.механикой - многочастичными потенциалами и прочими радостями. Очень помогло, биомолекулярное моделирование суть выросло из теории жидкостей.

[Komissar]

Larkin,

Это я так, из врожденной вредности. Честно говоря, прорыв в биологии 60-80-х был совершен именно физиками и химиками.

Что в общем-то говорит лишь о том, что биология - это не отдельная наука, а просто специфическая область применения химии, математики, физики. Это я не в обиду биологам - и химию со временем скорее всего обзовут "физикой изменения валентных оболочек".

Как только из малопонятной и малоуправляемой биологической каши стали вычленятся физические, химические, а позже и стат/математические проблемы - тут и пошел прогресс. Подчеркнем, что в химии/физике реально прогресс двигался практически на 100%экспериментальными работами.

По крайней мере в химии всякие "расчеты" (будь то HOMO/LUMO 60-х, аб иницио кванты 70-х, молекулярное моделирование, QSAR, молекулярная механика и прочие радости "молекулярного моделирования" 80-х) в целом зашли в тупик и себя не оправдали. А двигался прогресс в химии в основном за счет улучшения методов анализа и разделения, а в 90-х - за счет развития комбикема.

[Noskov Sergey]

По поводу зашло в тупик можно и поспорить. С середины 90-х начался своеобразный ренесанс и в квантах в том числе и в фундаментальных отраслях химии (Coupled clusters -> approach to weak interactions, boom in the QM/MM and its applications, post-HF era etc, quantum dynamics for liquids, in molecular modeling quite a few new paradigms emerged ranged from Zwanzing-Mori operator-projectors to different kind of enhanced sampling (way to technical indeed, but quite powerfull and working). Комби в основном важнда для фармации.

QSAR must die

[Komissar]

Как ни крути, а пока "расчеты" сильны лишь задним умом об'яснять (или даже чаще создавать видимость об'яснения), но не предсказывать поведение об'екта.

Насчет комби только для фармации - это далеко не так. Комби нужна/полезна везде, где требуется эмпирический подход в нахождении/создании материала и/или его свойства (synthesis/screening).

Просто в фармации крутятся самые большие химические $$$, поэтому фармация традиционно первой внедряет и пробует всякие новшества, будь то MM, QSAR, MD, топологические индексы, кванты и т.д. Они и астрологам будут с радостью платить (а по слухам - таки платят), если те на возможно ранней стадии будут предсказывать успех/провал lead candidates.

А комби сейчас большими шагами внедряют и в поисках катализатора (гетеро- и гомо-, здравствуйте, нефтяные доллары!), и в поиске полимеров с заданным набором свойств, красителей, сплавов и т.д. Просто это делается сейчас как рутина, без помпы ранних шагов комбикема в начале 90-х.

Даже я перед тонировкой очередного стула создаю на дощечке combinatorial library, где в разных пропорциях смешаны тонировки разных оттенков, подбирая нужную пропорцию cherry : golden_oak : red_oak : mahogany

[Noskov Sergey]

Опять же не согласен. "Обьект" уж больно расплывчато здесь. Кинетику газо-фазной реакции можно и де ново, спектры и т.п. тоже, что-то посложней а lead compound или даже big new catalust уже явно посложней, то здесь ещё расти и расти. По словам дядек из big pharma, HTPS как раз не слишком оправдал ожиданий.

С другой стороны, сейчас достаточно сложных и дорогих в расчетах методов (тот-же Zwanzig-Mori из которого растут все расчеты свободных энергий - free energy simulations) дают точность порядка 2-3 kcal/mol per binding constant. Но никто в здравом уме не будет делать этот "self-moderated " для базы из миллиона соединений. Кстати есть интересный прецендент, когда для Т4-лизосима один из лигандов давал computed dG way off экспериментально померянного. В итоге перемеряли и все стало шоколадно, ошибка была в экспериментальных константах.

Касательно предсказать, тут вышла статейка о том, что 90 % из предсказанных теоретиками (нами) эффекты имеют место быть. Oбласть действий -биосенсоры, место предсказаний - эффекты точечных мутаций на чуствительность сенсоров к ионным токам. Мелочь, а приятно.


Но речь в топике собственно не об этом, а он том, что я ищу аспиранта.

[Komissar]

модератор, пожалуйста, отнесите предыдыщие 5 посты в "Науку", если можно - откройте тему: Химия и Биология: расчеты vs эмпирика.

У меня, как бывшего расчетчика, а ныне тусующегося с Биг Фармой и Биг Ойлом на каждодневной основе по поводу ПО, много контраргументов для Сергея, но негоже засорять его "поисковый" топик.

[flip_flop]

модератор, пожалуйста, отнесите предыдыщие 5 посты в "Науку", если можно - откройте тему: Химия и Биология: расчеты vs эмпирика.

У меня, как бывшего расчетчика, а ныне тусующегося с Биг Фармой и Биг Ойлом на каждодневной основе по поводу ПО, много контраргументов для Сергея, но негоже засорять его "поисковый" топик.

Done:
http://forum.privet.com/viewtopic.php?t ... highlight=

[Evgueni]

Сергей, а пост-доки Вам часом не требуются? Background - physical chemistry, опыт как экспериментальный (ХРS, SIMS, Auger etc), так и computational (Gaussian, VASP, Monte-Carlo simulations, C++ programming). Более 10 публикаций, трудолюбивый

[HACOH]

Сергей, а пост-доки Вам часом не требуются? Background - physical chemistry, опыт как экспериментальный (ХРS, SIMS, Auger etc), так и computational (Gaussian, VASP, Monte-Carlo simulations, C++ programming). Более 10 публикаций, трудолюбивый

А что такое Gaussian, простите за любопытство?

[Noskov Sergey]

Evgueni,

Отвечаю по ходу дела, пост-док может понадобиться летом, в настоящий момент на пост-дока денег нет, но ожидаются (~June 2007). Проект там, не совсем с использованием Гауссианов или им подобных, но скорее по методам совместно с народом с химии (D.Salahub & T.Ziegler) и включением разработок в стандартные пакеты типа DeMON, CHARMM etc. QM/MM mainly + some applications towards membrane proteins.

НАСОН
Гауссиан, эта мега-компания создавшая в свое время пакет Гауссиан для квантово-мех расчетов и продвигающая его совершенно дикими методами. Например запрещая публиковать benchmarking, science alliances with people from Gaussian blakc list etc.

Мило, очень мило:

http://www.msg.ameslab.gov/ (here is Mark Gordon teasing Gaussian people)
http://www.bannedbygaussian.org/

BTW, almost all QM people here at the UofC are banned from the Gaussian use.