Не включясь в спор о вредности/безвредности ГМО, несколько вариантов
1. в пищевую цепочку человека вводится белок никогда там не участвовавший, который неизвестно как может влиять на имунный ответ - хорошо если просто аллергией.
2. чисто теоретически - перенос кусков ДНК, таких, как раньше не было, в кишечные бактерии, в симбиозе с которыми мы существоем и соответственно изменение метаболизма этих бактерий. Клонирование процессс довольно трудный, но на миллионах людей - не невозможный.
И это на мгновенном с точки зрения эволюции куске времени.