Мы не будем показывать пальцем
, но практически Весь арсенал современной структ.биологии основывается на моделировании. Начинаю от structure refinement (simmulation annealing, monte-carlo search and many others) и анализов електронной плотности X-Ray spectra (they used force-field, the famous X-Plore is a kid of Axel Brunger, который модельщик - студент Мартина Карплюса), до ЯМР. В этом варинанте понять где начинаются экспериментальные данные и кончается моделирование весьма не просто.
Я написал свое мнение Коммисару в приват, но думаю что не будет особым криминалом повторить его здесь:
Как я написал, у молекулярного моделирования как софтверного продукта будущее незавидное. Зато как у исследовательского инструмента вполне и вполне. Одна проблема, как и любой другой метод, результаты моделирования будь то кванты, молекулярная динамика или монте-карло необходимо рассматривать в контексте огромного количества данных. В случае с МД - спректроскопия, кристаллография, биохимические ихмерения и т.д. и т.п. Позволить себе полноценную разработку с привлечением нужных метов могут немногие компании, в США скажем 7-8 штук. Т.е. рынок софта будет очень уж ограничен. Пфайзер, Аббот или Джонсон и Джонсон имеют свои отделения моделлеров с квантами и MD/MC,в Абботе не хитря пользуются CHARMM купленным в Гарварде or AMBER т.е. акад.версия. Народец там сидит хитрый и посещает все встречи разработчиков. В J&J исповедуют примерно ту же тактику. Зачем вкладываться в софт, даже хорошо переписанный. Переписали NAMD - работает быстро, но моделирование на протяжение 100 ns и 30 ns не сильно отличается в плане информативности.
Сразу скажу, что по моему мнению эта особенность любого метода. Модная ныне биологическая кристаллография имеет свои забавные скелеты. Например ВСЕ предсказания механизмов энзиматического катализа на основе статическиз структур энзимов сделанные Huber (Нобелиат решивший первую протеазу) оказались неверными, первая структура калиевого канала регулируемого напряжением (KvAP) оказалось вообще от балды по целому ряду причин - использование детергентов, низкие температуры и т.д. и прямые противоречия как моделирования так и ряду физ.хим измерений - ЭПР например. Моделирование как таковое, в этом случае необходимо даже для понимания, ну например, динамики метки для ЭПР, где само описание процесса далеко не ясно. Т.е. методика существует, спектры получаются, но трактование данных спектров идет обычно мягко говоря от балды (в сложных системах, где помимо самого вещества, метки на нем, есть ещё растворитель, липиды и т.д.).
Моделирование конечно здесь не панацея, но сочетание ТЕОРИИ процесса (there is none in bio yet) и моделирования весьма неплохой подход к проблеме. Изменивший кстати, био-ЭПР весьма значительно. Работы - Перозо (Perozo), Елбера(Ron Elber - Cornell) и прочих вполне адекватны.
), но желание главных оппонентов принимается во мнимание. Итак, копируем "наукозначимые" посты из темы "Ищу себе аспиранта" в "Образовании"
. Одна из огромнейших проблем в биомоделирование это тупое возрастание статей полученных по методу черного ящика. Ссылку которую я привел, является примером работы, где бумажная теория и противоречия в наблюдениях вылились в моделирование. Групп которые занимаются подобными вещами всегда было очень мало. Упомянутый М.Kарплюс оценивал их количество в 20-30 на всю северную Америку, тем ценней что они есть.
