2008 Nobel prize in Chemistry

Leonid_V · Post by **Leonid_V** » 11 Oct 2008 15:11

Noskov Sergey wrote:Леонид,

И что белый тоже есть?

нет, но очень много черных :lol:

Noskov Sergey wrote:изменение цвета в процессе фолдинга помеченных протеинов. Явно же прямое следствие конформационных изменений,

не ... Сергей, там всё проще.
Флюорохром как таковой формируется несколькими АК и их окружением. Вот мутации в этом районе и приводят к изменению цвета. А химические (sic!) изменеиния (протонизция и проч) вызывают смещение длинны волны.
У меня на сайте есть маленький доклад (диапозитивы) по фотоактивации. Если хотите, скачайте и через 15 минут всё будет ясно.

Kot_Tisha · Post by **Kot_Tisha** » 11 Oct 2008 15:19

Ни в коем случае не сомневаясь в Вашеи компетенции -
но "изменение цвета" и "смещение длины волны" - ето по сути одно и то же

т.е. и мутации и смещение кислотно-основного равновесия приводят к спектральным измененениям

Noskov Sergey · Post by **Noskov Sergey** » 11 Oct 2008 16:39

Self-moderated for offtop :mrgreen:

Leonid_V · Post by **Leonid_V** » 11 Oct 2008 19:13

Kot_Tisha wrote:но "изменение цвета" и "смещение длины волны" - ето по сути одно и то же
т.е. и мутации и смещение кислотно-основного равновесия приводят к спектральным измененениям

Виноват, писал на бегу и потому сократил всё до искажения смысла
под "изменение цвета" разумелось превращения в ряду CFP-GFP-YFP - далее везде.
"смещение длины волны" - это про фотоконверсию лазером, в результате которой зелёный белок становится красным

Noskov Sergey · Post by **Noskov Sergey** » 14 Oct 2008 01:34

Леонид,

В том что я написал, а потом стер, было рассуждение о переходах между 3-мя состояиями как функции окружения (-, цвиттерион и +). Дешево и сердито с точки зрения експеримента.

P.S. лекции конечно давайте (many thanks for kind offer). Особенно если не жалко. Я учу сейчас Биофиз.Химию (undergrads) и зимой буду Мол.Биофизику (grads), так что хорошие лекции могут пригодиться естестественно с Вашим копирайтом для любого слайда/рисунка выдранного из лекции.

Kot_Tisha · Post by **Kot_Tisha** » 14 Oct 2008 02:19

http://www.ploscompbiol.org/article/inf ... A63F3365F4

>>В том что я написал, а потом стер, было рассуждение о переходах между 3-мя состояиями как функции окружения (-, цвиттерион и +). Дешево и сердито с точки зрения експеримента.

Noskov Sergey · Post by **Noskov Sergey** » 14 Oct 2008 04:31

Helmut Gruebmuller, неплохо. Спасибо за ссылку, вот мы сейчас доделаем свой интерфейс для DFTTB и как начнем все изучать :mrgreen:

Leonid_V · Post by **Leonid_V** » 14 Oct 2008 05:58

Noskov Sergey wrote: с Вашим копирайтом для любого слайда/рисунка выдранного из лекции.

Виноват, Сергей, но слишком старомоден для этих райтов:
если что приглянется, то берите модифицируйте и, ради Бога, не надо (с любезного разрешения Dr. такой-то и проч.) Если хоть один диапозитив пригодится, то это и будет причиной для «чувства глубокого удовлетворения». А в противном случае мы единую науку на копирайты растящим.

http://www.crc.chus.qc.ca/recherche/cytometrie/?page=9

(не пугайтесь, диапозитивы на англ)

Snur · Post by **Snur** » 17 Oct 2008 00:48

ZSM-5 wrote: О том, чтобы что-то там пронаблюдать внутри тканей in vivo, речь пока не идет, правильно?

Сантиметров до 10 можно видеть, если использовать модифицированные флюоресцентные белки, например [mCherry] из лабораториии лауреата Тсеина.
Ткани имеют низкий бакграунд в Niar-Infra-Red области.

Snur · Post by **Snur** » 17 Oct 2008 00:48

ZSM-5 wrote: О том, чтобы что-то там пронаблюдать внутри тканей in vivo, речь пока не идет, правильно?

Сантиметров до 10 можно видеть, если использовать модифицированные флюоресцентные белки, например mCherry из лабораториии лауреата Тсеина.
Ткани имеют низкий бакграунд в Near-Infra-Red области.

Kot_Tisha · Post by **Kot_Tisha** » 17 Oct 2008 01:44

10 cм ??? Да ну.... Можно ссылочку, битте.

Snur · Post by **Snur** » 17 Oct 2008 04:49

Kot_Tisha wrote:10 cм ??? Да ну.... Можно ссылочку, битте.

Попробуйте посмотреть тут.:
http://mips.stanford.edu/public/classes/bioe222/lectures/jrao/ref1NIR.pdf
Несколько сантиметров - вполне реально. Где-то утврждаетса да же 30-40sм ...

Leonid_V · Post by **Leonid_V** » 17 Oct 2008 15:01

Snur wrote:
Kot_Tisha wrote:10 cм ??? Да ну.... Можно ссылочку, битте.

Попробуйте посмотреть тут.:
http://mips.stanford.edu/public/classes/bioe222/lectures/jrao/ref1NIR.pdf
.

In proof-of-principle experiments /*/ to detect lesions as deep as 1.5 cm from the skin surface