Cytation management software and privare e-libraries

[OtecFedor]

Ето вы очевидно сохранили search results в EndNote. EndNote сеарч я пользуюсь мало, нужно из базы (PubMed, Web of Science...) или из самого журнала жать "download citation" или "export citation"... выбирая RIS или EndNote fomat.

[Бирюлькина]

Я явно делаю что-то не так. Решил просмотреть одну из созданых мною библиотек и обнаружил тучу ссылок, кторых я никак, даже по ошибке туда заложить. Типа по ботанике или геологии. Это я схожу с ума или программа так глючит?

У меня так было однажды, действительно весь [search] EndNote-овский сохранила случайно. Как по мне, EndNote поисковик неудобный. Я тоже ищу через конкретные базы данных, а когда сохраняю ссылку, просто выбираю EndNote в списке программ. Так удобней.

[bulochka]

Продолжаю играться с EndNote. Поиск по пабмеду через эндноте дал раз в пять меньше ссылок, чем напрямую в пабмеде (2010 год). В энд ноте поиск закончился 95 годом. Это так всегда, или я что-то делаю неправильно?

У меня всегда такая проблема возникает. Поэтому я изначально нахожу статьи в Пабмеде, а в Эндноут загружаю те ссылки, которые мне нужны, используя PMID.

КАК? Нарыл несколько статей за сегодняшнее утро - поиск по названию статьи в Эндноут ничего не даёт, по фамилии авторов - статьи находятся. Как их быстро перегнать в Эндноут, желательно с текстом статьи?

Я обычно делаю так. Нашла нужные мне статьи в Пабмеде. Под каждой ссылкой есть PMID #. В EndNote подключаюсь к поиску в Пабмеде (tools/ online search/ Pubmed) и из дроп-бокса field выбираю PMID. Нажимаю на кнопку Поиск, и единственная ссылка, которая вылезает - именно та, что мне нужна. Дальше выбираю "скопировать в такую-то библиотеку", и ссылка отправляется туда, включая абстракт и все прочее, кроме полного текста.

[flip_flop]

Прогресс, однако, в ИТ поддержке ученых. Всего каких то лет 10 я только и помнил BibTex. А сейчас в конторе есть отличная электронная библиотека, но нет в наличии персональных систем управления файлами и систем цитирвония. Файлов и книг тьма и тьма и тьма а порядка нет. Поэтому завел себе открытые некоммерческие системы zotero и mendeley. Кто что думает по этому поводу?

[Ласточка]

Чувствую что люди говорят о том, что мне надо но чего-то я не понимаю о чем именно. Кто нибудь может объяснить как для идиота?
У меня куча статей, которые надо сохранить как-то более организованно, это вы об этом?

[bulochka]

Чувствую что люди говорят о том, что мне надо но чего-то я не понимаю о чем именно. Кто нибудь может объяснить как для идиота?
У меня куча статей, которые надо сохранить как-то более организованно, это вы об этом?

Тут два вопроса обсуждается параллельно. Как хранить файлы со статьями и как сохранять ссылки на статьи и вставлять их в текст, чтобы потом автоматически форматировать библиографию.

[OtecFedor]

По-моему иметь две системы- для хранения ссылок и собсно pdf фаилов слишком redudndant. Я пдф аттачу к refernce v EndNote, если надо тут же открыл пдф, сделал пометки и сохранил.

[VI]

Продолжаю играться с EndNote. Поиск по пабмеду через эндноте дал раз в пять меньше ссылок, чем напрямую в пабмеде (2010 год). В энд ноте поиск закончился 95 годом. Это так всегда, или я что-то делаю неправильно?

У меня всегда такая проблема возникает. Поэтому я изначально нахожу статьи в Пабмеде, а в Эндноут загружаю те ссылки, которые мне нужны, используя PMID.

КАК? Нарыл несколько статей за сегодняшнее утро - поиск по названию статьи в Эндноут ничего не даёт, по фамилии авторов - статьи находятся. Как их быстро перегнать в Эндноут, желательно с текстом статьи?

Я обычно делаю так. Нашла нужные мне статьи в Пабмеде. Под каждой ссылкой есть PMID #. В EndNote подключаюсь к поиску в Пабмеде (tools/ online search/ Pubmed) и из дроп-бокса field выбираю PMID. Нажимаю на кнопку Поиск, и единственная ссылка, которая вылезает - именно та, что мне нужна. Дальше выбираю "скопировать в такую-то библиотеку", и ссылка отправляется туда, включая абстракт и все прочее, кроме полного текста.

Ну конечно же - PMID #!!!! Как я сам не догадался!?!?! Правильно жена говорит - в отпуск пора . Булочка, большое спасибо, надоумили!

Товарищи учённые, а напрямую из Пабмеда в Эндноут никто ссылки не умеет перебрасывать, да ещё с текстом всей статьи? Отец Фёдор, как Вы это делаете - сохраняете pdf на десктопе и потом прикрепляете к ссылке в Эндноуте? Или есть способ сделать это меньшим количеством кликов?

Отец Фёдор, а в каком поле Вы делаете пометки? Час искал - не нашёл.

Спасибо!!!!!

[bulochka]

По-моему иметь две системы- для хранения ссылок и собсно pdf фаилов слишком redudndant. Я пдф аттачу к refernce v EndNote, если надо тут же открыл пдф, сделал пометки и сохранил.

А как Вы ищете нужную статью? У меня часто возникает такая проблема - помню, что где-то я читала о том, что "розовые пушистые кролики предпочитают морковку капусте", и что эта статья у меня где-то сохранена, но не помню, где. Если кролики и капуста упомянуты в заголовке или абстракте, то найти статью легко. А что делать, если это было упомянуто где-то в "Методах"?

Вот я сейчас провела эксперимент - у меня в Эндноут сохранена ссылка, к ней прикреплен пдф, в тексте встречается слово "криостат". Если делать поиск на "криостат" в Эндноут, то не находится ничего, если делать поиск на "криостат" в моей базе пдф-ов (DevonThink), то вылезает эта статья.

То же самое можно делать просто встроенным поиском в MacOs, но там есть две проблемы: не подсвечивается найденное слово в тексте, только вылезают все файлы, где это слово встречается, и в поиск не включаются пдф-файлы, которые выглядят как картинка, а не текст. Поэтому все статьи, которые мне присылают по межбиблиотечному займу просканированными, нужно превратить в текст (searchable PDF). В DevonThink Optical Character Recognition работает для этой цели очень хорошо, а в Акробате мне почему-то не удается проделать такую конверсию.

[Бирюлькина]

По-моему иметь две системы- для хранения ссылок и собсно pdf фаилов слишком redudndant. Я пдф аттачу к refernce v EndNote, если надо тут же открыл пдф, сделал пометки и сохранил.

Благодаря этой теме , научилась хранить PDF-ы прямо в EndNote (а не [all over the place] как у меня было раньше ). Остался такой вопрос. Когда я делаю поиск в EndNote [References - Search References], программа находит мне ссылку (по автору, году, ключевым словам, и т.д.) А можно как-то в EndNote включить поисковик, чтобы программа искала внутри PDF-ов (а не только саму Reference)? Не вижу...

[Бирюлькина]

У меня часто возникает такая проблема...

Вот-вот именно об этом я хочу узнать . Иногда ищещь по слову, которое есть в тексте PDF-a, а в самой ссылке (заглавие, ключевые слова, и т.д.), этого слова нет. Как пошуршать по PDF-aм в EndNote? OtecFedor, научите

[OtecFedor]

Отец Фёдор, как Вы это делаете - сохраняете pdf на десктопе и потом прикрепляете к ссылке в Эндноуте? Или есть способ сделать это меньшим количеством кликов?

Отец Фёдор, а в каком поле Вы делаете пометки? Час искал - не нашёл.

Спасибо!!!!!

В Х3 есть кнопка- find full text, (глубус с техтовыm дукументом) оно по-идее находит пдф и автоматически аттачит. Но, работаeт не для всех журналов, тогда нужно делать как вы сказали.
Ето нужно только если вы делаете поментки в пдф или рабоатете дома и нет доступа к журналам, в принципе можно кликнуть на DOI линк и оно даст ссылку на пдф.
Пометки: research notes, в принципе ето все равно где, EndNote ето просто база данных с полями.
Проблема поиска в пдф есть. Мое решение- сразу сортировать используя subgroups is smart groups.

[bulochka]

Прогресс, однако, в ИТ поддержке ученых. Всего каких то лет 10 я только и помнил BibTex. А сейчас в конторе есть отличная электронная библиотека, но нет в наличии персональных систем управления файлами и систем цитирвония. Файлов и книг тьма и тьма и тьма а порядка нет. Поэтому завел себе открытые некоммерческие системы zotero и mendeley. Кто что думает по этому поводу?

Про Zotero слышала, но не пробовала. Про mendeley раньше не слышала. Попробовала, понравились некоторые features (особенно способность экстрагировать список ссылок из PDF файла. В результате получается следующий вывод: для full-text search in PDF files годится либо mendeley (бесплатный), либо DevonThink (платный). При этом я пока так и не нашла способа сразу загружать пдф в какую-нибудь базу данных, не сохраняя его сначала где-то еще.

Что в этом плане понравилось в mendeley - можно попросить его наблюдать за папкой (watch folder) и автоматически загружать новые пдф-ы, которые появляются в этой папке. Но при этом он не может работать с пдф-ами, которые не были конвертированы в searchable PDF, а Акробат у меня почему-то отказывается их конвертировать. Поэтому единственный способ для меня работать с файлами, полученными по межбиблиотечному займу, это хранить их в DevonThink.

Еще что мне не понравилось в mendeley в отличие от DevonThink - когда я загрузила всю свою коллекцию статей в DevonThink, он сохранил структуру фолдеров, в которых были статьи, а mendeley загрузил все в одну общую библиотеку.

В общем, вместо того, чтобы упрощать процесс, я прихожу к выводу, что хорошо иметь две-три параллельных системы для хранения ссылок, поскольку ни одна из них не является универсальной.

[VI]

Товарищи учённые!

Спасибо большое, с Вашей помощью, кажется, научился складывать ссылки в Эндноут. Вроде получается и, кажется, достаточно удобно. Вот допишу статью и доложусь об удобстве по сравнению с РефВокс, которым пользовался для предыдущей статейки.

И ещё один вопрос. Вы, похоже, все из биомеда и пользуетесь пабмедом. Пабмед предлагает какие-то функции по сохранению результатов поиска и пр. Кто-нибудь ими пользовался?

Ещё раз СПАСИБО!!!

[bulochka]

И ещё один вопрос. Вы, похоже, все из биомеда и пользуетесь пабмедом. Пабмед предлагает какие-то функции по сохранению результатов поиска и пр. Кто-нибудь ими пользовался?

Я пользовалась, но всего пару раз, поскольку мне это было как бы ни к чему. Хотя, наверное, если пользоваться поиском с разных компьютеров, то удобно иметь сохраненные результаты. Вот что мне очень нравится, так это функция апдейтов по е-мейлу (What's new in Pubmed). Если есть какая-то тема, которой я активно занимаюсь, можно создать автоматический поиск на ключевое слово/слова, который присылает е-мейл, когда появляются новые статьи на эту тему. Правда, надо иметь достаточно узкие/прицельные ключевые слова. Это оказалось очень ценно, чтобы не пропустить последние новости.

[iddqd]

И ещё один вопрос. Вы, похоже, все из биомеда и пользуетесь пабмедом. Пабмед предлагает какие-то функции по сохранению результатов поиска и пр. Кто-нибудь ими пользовался?

To save:
0) go to pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)
1) register on MyNCBI (see link at upper right corner)
2) search something
3) click 'send to' pseudo-link and select 'Collections' radio button on 'Choose Destination' window.

To restore:
0) go to pubmed
2) sign in at MyNCBI
3) click at MyNCBI link
4) see section 'My Saved Data'

[OtecFedor]

Господа, только мы начали выражать недовольство что в End Note нет поиска внутри pdf, как тут X4, подоспел где все ето уже eсть:
http://app.info.science.thomsonreuters. ... cd5ad0591b

[VI]

Ну вот!!! Только освоил третью версию, как тут же выпустили четвёртую, мерзавцы!!!!

[Бирюлькина]

Ну вот!!! Только освоил третью версию, как тут же выпустили четвёртую, мерзавцы!!!!

Я несколько раз переходила в EndNote-е на новую версию, довольно безболезненный процесс. А поисковик внутри PDF-ов - ценная функция Спасибо, OtecFedor, что подсказали.

[VI]

Товарищи учённые!!!!

Спасибо за помощь в освоении Эндноута. Кажется я перелопатил всё, что имеется в медлайне по объекту моего интереса и сложил нарытые жемчужины в Эндноут!

Теперь терзаюсь, всё ли нашёл. Веб оф сайнс даёт раз в пять меньше ссылок по сравнению с эндноутом, а гугли сколар - в пять раз больше . При этом не известно, насколько они пересекаются. Я подозреваю, что пабмед индексирует все значимые биомедицинские журналы и, по идее, поиска в нём вполне достаточно. Но он никак не отражает данные, представленные на конференциях. Не раз я встречал ссылки на доклады на конференциях с пометкой, что эти данные больше нигде не были опубликованы. При поверхностном поиске эти данные можно проигнорировать, но сейчас я пытаюсь сделать максимально тщательный поиск по предмету моего интереса. Как эти даные с конференций можно выкопать?

Спасибо!

[Oleg Co]

Товарищи учённые!!!!

Спасибо за помощь в освоении Эндноута. Кажется я перелопатил всё, что имеется в медлайне по объекту моего интереса и сложил нарытые жемчужины в Эндноут!

Теперь терзаюсь, всё ли нашёл. Веб оф сайнс даёт раз в пять меньше ссылок по сравнению с эндноутом, а гугли сколар - в пять раз больше . При этом не известно, насколько они пересекаются. Я подозреваю, что пабмед индексирует все значимые биомедицинские журналы и, по идее, поиска в нём вполне достаточно. Но он никак не отражает данные, представленные на конференциях. Не раз я встречал ссылки на доклады на конференциях с пометкой, что эти данные больше нигде не были опубликованы. При поверхностном поиске эти данные можно проигнорировать, но сейчас я пытаюсь сделать максимально тщательный поиск по предмету моего интереса. Как эти даные с конференций можно выкопать?

Спасибо!

Сравнивали web of science с web of knowledge? Последний часто больше ссылок находит. Но с конференциями вряд ли поможет. Есть еще SCOPUS и SciFinder.

[Бирюлькина]

Пришел диск с Endnote X4. А эта версия не [compatable] с Маком Посмотрела у них на сайте, предыдущие EndNote X1, X2 and X3 все работают на Маке. Вопрос к тем, кто пользуется Endnote-ом на Маках - вы сразу покупали [Macintosh]-ную версию? Или предыдущие сначала вышли только для Windows, а потом уже и Mac версия подтянулась? Думаю, может я поторопилась (начиталась на привете о чудодейственном поиске внутри PDF-ов ) и надо было подождать, пока X4 станет [compatable] с Маком?

[bulochka]

Пришел диск с Endnote X4. А эта версия не [compatable] с Маком Посмотрела у них на сайте, предыдущие EndNote X1, X2 and X3 все работают на Маке. Вопрос к тем, кто пользуется Endnote-ом на Маках - вы сразу покупали [Macintosh]-ную версию? Или предыдущие сначала вышли только для Windows, а потом уже и Mac версия подтянулась? Думаю, может я поторопилась (начиталась на привете о чудодейственном поиске внутри PDF-ов ) и надо было подождать, пока X4 станет [compatable] с Маком?

У меня до сих пор стоит Х1, так что ответа на этот вопрос я, к сожалению, не знаю. Я покупала отдельно Endnote для Мака и отдельно для Виндоус, на тот момент, кажется, существовала только Х1, но в версиях для обеих операционных систем.

[VI]

Если ничего не путаю, то на библиотечном сайте в объявлении о поступлении четвёртой версии была приписка что для маков скоро появится...

[Бирюлькина]

Да, я им позвонила сегодня. Действительно, скоро выйдет Mac-овская версия. Нужно будет покупать как отдельную программу (в смысле, нет скидки, если ты уже купил версию для Windows)