Вижу, что на M$ форуме советуют obfuscate DLL-и и EXE перед merge-ем, почему не после?
Может быть потому, что обфускация может усложнить merge (возникнут какие-нибудь ошибки и т.п.)?build the exe's and dll's of the application
obfuscate the above files
build the merge module that contains the obfuscated exe's and dll's
build the msi that contains the merge module