Folding at Home/Computers and Science

[Noskov Sergey]

А что думает уважаемое научное сообщество привета по поводу вот такого проэкта.

http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/

КОму не знакомо слово " Folding" , поясню это процесс образование различных структур протеина. Мы считали однажды вместе с ребятами из Станфорда, просто офигительно работает, даже лучше чем наш аккоунт в национальном суперкомпутерном центре.

Это я так не навязчиво агитирую помочь науке.

[Слiн]

Дык, с момента как оно в google toolbar появилось, так и...
Насчитана целая биосфэра белкофф

[Noskov Sergey]

Огорчу, настоящие белки почти и не считают, поскольку используется всякая програмная лабуда типа "Tinker", он не есть хорошо, считают обычно всякие параметризации и прочее дело, очень важное, что потом и будет уже использовано длыя расчетов белков. Кроме того ради упрощения кодов из них вырезают все по живому, т.е. задачи действительно простые, но важные, типа протестировать устойчивость потенциальных функций для всякой там био-органики. ПО нашим прикидкам выходило около 15 лет типа Пентиум-4 2.3 HGz, все пролетело за примерно 2 месяца.

В гоогле он появился когда уважаемый VJ Pande из Стенфорда, индус, которых многие на данном форуме не любят, но светлая башка и отменный теоретик, смог втереть товарищу Сергею Брину, создателю гугла о том как все классно, он очень проникся и вообще.

[Слiн]

Но все ж приятней думать о биосфэре

По крайней мере, какое-то общественно-полезное дело, не бессмысленная лабуда типа этого, как его... "decrypt a message encrypted with <some algorithm> by brute force using distributed computing". Ага, если собрать тыщу компьютеров, можно очень быстро разделить миллиард чисел на мильон других. Чертовски увлекательное и нужное дело!

[Noskov Sergey]

Я не шутил, когда писал о нужности данного дела. Поясню, все протеины в стандартных расчетах, типа Монте-Карло или Молекулярной Дунамики (методы наиболее информативныe, но и дорогиe в расчетах, само собой) описываются, в так называемом, приближении силового поля, т.е. искренне верится в то, что все амино-кислоты могут быт; представлены на манер детских пазлов, т.е. состояших из более примитивных функциональных групп. Идея очень здравая и т.д., все взамодействия в системе объявляются парными, далее решается система Ньютоновых или Ланжевеновых или ешё каких уравнений движения.

Так вот для параметризации кусочков данного супер-пазла и нужны подобные проекты, т.е. берется, ну скажем этанол, он практически полный аналог треонина, за исключение само собой атомов костяка (N-C-C=O).

И давай этот этанол параметризовать, т.е. делать различные моделирования с кучей параметров ( обычно варьируются атомные зарядай и всякие там отталкивательные функции т.е. Леннард-Джонс) с целю воспроизведения идеального этанола с правильной энергетикой, диелектрической постоянной, динамикой и т.д. Дело сложное, моделирований много и т.д. Зато на выходе вы получите параметризацию для аж 3 функциональных групп:CH3-CH2-OH
Eшё придется все параметры сводить воедино, делая простые пептидики, для которых есть эксперимент.

А Вы говорите: "Ага, если собрать тыщу компьютеров, можно очень быстро разделить миллиард чисел на мильон других."


В реальности распараллелить сложный код, типа квантовых пакетов или полноценных МД-Монте Карло дело не тривиальное, само собой есть ешё проблема копирайтов,поскольку все мало-мальские пакеты ими защищены. Да и сам я не без греха, все что мы делаем находится под лапой у проклятых империалистов, спасибо хоть публиковаться в открытой печати разрешают.

[Слiн]

..А Вы говорите: "Ага, если собрать тыщу компьютеров, можно очень быстро разделить миллиард чисел на мильон других."

Ну это относилось к проектам "разламывания шифрофф напрямую", вообще-то

Но за пояснения все равно спасибо

[Двуручник]

Команда Российских оверклокеров TSC! Russia вышла на 12 место в общем зачёте...
http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teamstats

Сайт команды:
http://tsc.overclockers.ru/

[ZSM-5]

Нич-че не понимаю.... Вторичная, третичная, и четвертичные структуры белка - это водородные и похожие связи (S...H, N...H, и т.д.), ван-дер-ваальс, и т.д. Если белок неправильно заворачивается, то значит или нарушена ДНК, или что-то произошло в процессе трансляции (ну то есть поменялась последовательность аминокислот, соответственно, некоторые водородные связи не могут образоваться - просто из-за того, что в нужном месте нет О, или H), или есть какие-то стерические затруднения в рибосоме, не позволяющие белку завернуться. Я все правильно понимаю? Если да, то чем могут помочь подобные расчеты?